Trong thời kỳ đầu trị vì của Thiên hoàng Chiêu Hòa, quân đội Hoàng gia Nhật Bản đã giành được ảnh hưởng chính trị đáng kể. Năm 1931 và 1932, Quân Quan Đông (đơn vị quân đồn trú ở vùng Mãn Châu của Trung Quốc) đã chiếm Mãn Châu Quốc mà không cần sự chấp thuận trước của chính phủ Nhật Bản. Về mặt cá nhân, Thiên hoàng thỉnh thoảng vẫn lộ ra vẻ không hài lòng về quyền lực đang tăng của quân đội. Chẳng hạn như tháng 2 năm 1936 ông đã hạ lệnh đàn áp các sĩ quan quân đội cấp tiến đang nổi dậy chống chính phủ dân sự ở Tokyo. Dù quan điểm như thế, Thiên hoàng Chiêu Hòa vẫn ít có hành động ngăn chặn việc quân đội Nhật Bản đang dần tiến đến một cuộc chiến toàn diện với Trung Quốc xảy ra năm 1937 (Chiến tranh Trung-Nhật thứ hai). Việc Thiên hoàng xuất hiện trước công chúng với bộ quân phục, theo dõi diễn tập quân sự hoặc duyệt quân trên con bạch mã của mình đã làm tăng cường sự ủng hộ chiến tranh của nhân dân Nhật.

Việc bành trướng của quân đội Nhật Bản trong thập niên 1930 đã dẫn đến việc Nhật Bản tham chiến vào cuộc Chiến tranh thế giới thứ hai tháng 12 năm 1941, khi các máy bay chiến đấu của Nhật Bản đã bất ngờ tấn công hạm đội hải quân Hoa Kỳ ở Trận Trân Châu Cảng tại Hawaii. Dù Thiên hoàng Chiêu Hòa đã không sốt sắng trong việc quyết định tham chiến, ông cũng đã hài lòng bởi một loạt các chiến công của quân đội Nhật Bản sau chiến thắng Trân Châu Cảng và ông đã phát triển một mối liên kết mạnh mẽ với tướng Tōjō Hideki, bộ trưởng chiến tranh. Đến đầu mùa Hè năm 1945, sau khi Đức đầu hàng Đồng Minh, thất bại dường như là điều sắp xảy ra đối với quân Nhật. Chính phủ Nhật Bản đã chia rẽ sâu sắc giữa các lãnh đạo quân đội và hải quân và các quan chức dân sự Nhật Bản, những người muốn thương lượng cho hòa bình. Thiên hoàng có vẻ như nghiêng về phía phe chủ hòa nhưng ông không đứng ra hòa giải bế tắc giữa phe chủ chiến và phe chủ hòa cho đến giữa tháng 8, sau khi Hoa Kỳ đã thả hai quả bom nguyên tử xuống các thành phố Hiroshima và Nagasaki và Liên Xô tuyên chiến với Nhật Bản. Thủ tướng Nhật Bản Suzuki Kantaro đã hỏi ý kiến Thiên hoàng Chiêu Hòa liệu Nhật có nên tiếp tục chiến đấu vì hòa bình, và ông đã quyết định chấp nhận yêu cầu của Đồng Minh "đầu hàng vô điều kiện" bao gồm trong Tuyên bố Potsdam ban hành tháng 7. Thiên hoàng Chiêu Hòa đã phá vỡ tiền lệ im lặng của Thiên hoàng trước đây và đã thông báo sự đầu hàng của Nhật Bản trên đài phát thanh phát ngày 15 tháng 8 năm 1945 (giờ Nhật Bản).

Chiêu Hòa và các cố vấn của mình sợ rằng ông có thể bị xét xử về tội ác chiến tranh, đã cố đặt ông ở xa các mối liên hệ với sự lãnh đạo quân sự thời chiến. Nhưng Douglas MacArthur, tướng Mỹ đặc trách chỉ huy các lực lượng chiếm đóng của Đồng Minh đã cảm thấy rằng việc đặt Thiên hoàng vào đúng cương vị sẽ giúp giải quyết ổn thỏa sự dân chủ hóa của Nhật Bản. MacArthur đã thấy vị Nhật hoàng này là một biểu tượng của sự ổn định và hòa hợp có giá trị đối với dân Nhật và ông đảm bảo rằng Thiên hoàng Chiêu Hòa sẽ không bị truy tố ở phiên tòa xét xử tội phạm chiến tranh bắt đầu năm 1946.